Il film è ispirato a una storia realmente accaduta narrata nel libro di Diane Ackerman "Gli ebrei dello zoo di Varsavia", a sua volta basato sui diari della Żabińska.Nel 1939, all'inizio della seconda guerra mondiale, durante l'invasione della Polonia, anche il giardino zoologico di Varsavia subisce i bombardamenti della Luftwaffe.
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Molti degli animali muoiono sotto le bombe, altri fuggono dalle gabbie e alcuni vengono abbattuti dai soldati polacchi. Quando i tedeschi entrano in città, le gabbie vengono requisite per farne depositi temporanei di armi e munizioni. Antonina Żabiński e suo marito Jan Żabiński, direttore dello zoo, devono rinunciare anche a quelli superstiti quando lo scienziato Lutz Heck, già direttore dello zoo di Berlino ed ora ufficiale delle SS nominato capo zoologo della Germania nazista, annuncia che lo zoo sarà liquidato. Heck, però, promette ad Antonina che salverà gli animali più pregiati portandoli in Germania per poi restituirli a guerra finita.
