I protagonisti del manga: Edward e Alphonse Elric, erano dei bambini che vivevano in un villaggio di campagna chiamato Resembool. Il padre dei ragazzi Hohenheim, un alchimista straordinario, se ne era andato di casa quando Edward era ancora molto piccolo e Alphonse era praticamente un neonato. I due ragazzi iniziarono a studiare l'alchimia tramite i libri trovati nello studio del padre.
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Anni dopo, la madre dei ragazzi, Trisha Elric, morì a causa di una grave malattia. Dopo la sua morte, Edward e Alphonse vissero insieme a Winry e sua nonna, e decisero di raffinare le loro doti di alchimisti trovando un'insegnante di alchimia. Dopo aver completato il tirocinio impostogli da quest'ultima, tornarono a casa con l'intenzione di riportare in vita la defunta madre attraverso il cerchio alchemico che avevano trovato fra gli appunti del padre, una alchimia proibita. Il tentativo di trasmutazione umana fallisce, e al posto della madre si ritrovano con un corpo di carne ed ossa informe, questo costò la gamba di Edward e l'intero corpo di Alphonse. Nel disperato tentativo di salvare suo fratello, Edward sacrificò il suo braccio destro per legare l'anima di Al ad un'armatura. Il braccio e la gamba di Edward furono sostituiti da due arti meccanici chiamati automail. Leggendo gli appunti del padre, Edward scopre che esiste una pietra chiamata "pietra filosofale", che permette di effettuare uno scambio senza cedere nulla, insomma di creare la materia dal nulla. Incominciò così il viaggio di Edward e Alphonse alla ricerca di questa pietra per riavere indietro i loro corpi. Nella versione originale giapponese, il termine "Fullmetal" è usato per descrivere una persona tenace ed ostinata. Nel sesto volume del manga, come nell'ottavo episodio dell'anime del 2003, viene rivelato che quando un alchimista diviene un Alchimista di Stato gli viene conferito un titolo; a Edward è stato assegnato il titolo di "Fullmetal", facendolo così diventare "Fullmetal Alchemist", l'alchimista d'acciaio
